Esta nueva aventura está ambientada en un futuro fantástico en el que el hombre coloniza el espacio a su gusto. Con la llegada del malvado Sigma, los androides se vuelven un amenaza. Es el momento en el que los hunters como X tienen que entrar en acción. Durante los niveles la mecánica será la misma de cualquier plataformas bidimensional, es decir, una combinación continua de salto y disparo. Fuera de los escenarios estaremos en el laboratorio, una central de operaciones donde podremos conseguir mejoras y seleccionar de un mosaico (el clásico de la serie) el siguiente enemigo al que queremos combatir. Una vez derrotado, tomaremos sus habilidades prestadas para ayudarnos a eliminar a otro. Cada jefe final cuenta con un poder y cada poder será necesario para superar ciertos obstáculos. Como ya hemos dicho, la típica fórmula de Megaman. Tendremos tres personajes distintos para controlar: X, Axl y Zero. Cada uno de ellos cuenta con unas características propias que los hacen más o menos adecuados. Por ejemplo, X estará provisto de su habitual disparo, el disparo con carga de energía y la posibilidad de utilizar el poder de los enemigos vencidos. En segundo lugar, Axl puede utilizar su pistola en cualquier ángulo (como en ‘Contra’) y además aguantar unos segundos suspendido en el aire. 
 
 
Por último, Zero tiene cualidades especiales para el ataque a poca distancia con su sable de luz y además un doble salto para acceder a las zonas más complicadas. Cada escenario tiene sus exigencias así que empezaremos cada nivel con dos de ellos pudiendo cambiar de personaje en cualquier momento. El problema llega con algunas situaciones en las que el personaje que no tenemos o que ha fallecido sea el más adecuado para ese momento.